PubMed检索

2017-01-20 14:27

1. PubMed概况
从字面上看,PubMed(PubMed=Public+Medicine)这一名称,源自“Public”和“Medline”两个英语单词,顾名思义,意味着面向公众的、免费的医药信息检索服务。Pubmed是美国国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM)所属的国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立的生物医学文献检索系统,使用NCBI的Entrez检索平台。是检索全世界生物医学期刊论文的重要工具。基于互联网,提供免费检索服务,部分文献(约5%)可免费下载全文。美国国家健康研究所(院) (National Institutes of Health,NIH)、美国国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM)、美国的国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI) 是美国国家健康研究院(NIH)所辖美国国家医学图书馆(NLM)的一部分,NIH--->NLM—>NCBI

2. 网址(见图1)

PubMed是美国国立医学图书馆下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。你打开浏览器,在地址栏内键入所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。
无论何时何地,你只要在浏览器地址栏中输入:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,http://www.pubmed.com/,  http://www.pubmed.gov/,  http://www.pubmed.com/, 就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。
在靠近页面上部的地方,首先映入我们眼帘的,即是供我们输入所需查询内容的检索框。
在检索框中输入查询词,然后单击"go"按钮或按回车键,PubMed将会自动开始检索,并将检索到的相关条目显示在屏幕上。

3. 收录范围(见图2)
PubMed是美国国立医学图书馆最重要的书目文摘数据库,内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。PubMed覆盖了全世界80多个国家和地区的5000余种8主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长,早的可以追溯到1950s,现有书目文摘条目2100万条,PubMed 网上更新速度是每周一次。
PubMed数据库收录的文献大多数(75%~85%)原始语种是英语,或有英文摘要(70%~80%),但1975年以前的文献无英文摘要。5%文献有免费全文,大部分文献有全文链接。国际上公认的最具权威免费的生物医学文献检索系统。

4. PubMed数据库可使用的运算符号
4.1  截词符 *
允许使用“*”号作为截词符进行截词检索。如:键入“physi*”,系统会找到那些前一部分是physi的单词(如phsics,physical,physiology等),并对其分别进行检索。如果派生的词超过600个,PubMed会提出敬告如下:Wildcard search for '*' used only the first 600 variations.Lengthen the root word to search for all endings. 那么就要延加长检索词根,所以要进行后截断时,一定要注意词根的位置,不要截得太短。
截词功能只限于单词,对词组无效。
使用截词检索功能时,PubMed系统会自动关闭词汇转换功能。

4.2 强制检索符“ ”
4.3 布尔逻辑运算符
PuMed检索系统允许使用布尔逻辑检索,但要在提问框中键入布尔逻辑运算符(AND,OR或NOT)。如:#1 AND #2。而且运算符号AND 、OR、 NOT 。
4.4 检索字段标识符:[tag] ,tag为字段名称。
[ti],[au],[ta], [la],[pt]。

5. 基本检索、限定检索、高级检索功能(图3)

5.1如何进行基本检索?(图4)
登录PubMed主页,直接在检索提问输入框中输入检索词。在靠近页面上部的地方,首先映入我们眼帘的,即是供我们输入所需查询内容的检索框。在检索框中输入检索词,然后单击“Search”按钮或敲回车键,PubMed将会自动开始检索,并将检索到的相关条目显示在屏幕上。

5.2如何进行条件限定检索(limits)(图5)
登录PubMed主页,点击“Limits”链接,切换到条件限定检索得页面,进行检索。其中,“Entrez Date”指录入系统的日期;“Publication Date ”指出版日期;还有三个选项要注意“Links to full text(链接到全文), Links to free full text(连接到免费的全文), Abstracts(连接到文摘)” ,但是1975年前出版的文章的记录中没有文摘。右下端还可以在下拉菜单中选择字段,进行限定检索。

5.3高级检索功能(图6)
所要检索的问题相对较为复杂的时候,仅仅靠初级检索就远远达不到需求了。为了使得我们的检索更为准确、高效,我们可以充分利用PubMed所提供的高级检索功能。在你进入PubMed首页之后,在检索框的上方,有PubMed所提供的Advanced Search功能按钮。如果你能够充分的利用好这个功能按钮,那你的检索则很有可能事半功倍。
登录PubMed主页,点击“Advanced search”链接,切换到高级检索页面,有上下两个检索提问输入框,下面的输入框是“编辑框”,上面的输入框是“检索框”。

6. 如何进行主题词检索?(图7-10)
登录PubMed主页,点击“MeSH Database ”链接,切换到主题词检索页面。主题词是经过规范化处理的词汇,是受控词汇。

 

 

 

7. 词汇自动转换功能(Automatic Term Mapping)(图11)
在PubMed主页的检索提问框中键入检索词,系统将按顺序使用如下4种表或索引,对检索词进行转换后再检索。

7.1 MeSH转换表(MeSH Translation Table)
MeSH转换表(MeSH Translation Table),包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词,就会自动将其转换为相应的MeSH词和全字段词进行检索。例如:键入“Pancreatic cancer”, 系统将其转换成:
“"pancreatic neoplasms"[MeSH Terms] OR ("pancreatic"[All Fields] AND "neoplasms"[All Fields]) OR "pancreatic neoplasms"[All Fields] OR ("pancreatic"[All Fields] AND "cancer"[All Fields]) OR "pancreatic cancer"[All Fields]”后进行检索。

7.2 刊名转换表(Journal Translation Table)
包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。如:在检索提问框中键入:“New England journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med"[Journal]后进行检索。

7.3  短语表
7.4  作者索引

8.  如何查看检索History(历史)(图12)
PubMed主页不显示检索历史,点击“Advanced search”链接,切换到高级检索页面,查看检索历史,再进行布尔逻辑运算。
检索历史显示格式:检索序号、检索式、检索时间和检索记录数。要查看检索到的记录,直接点击检索结果数(Result)按钮即可。在【History】状态下,可以将检索式用逻辑运算符连接起来后再检索。如在提问框中键入#1 AND #2,然后点击【GO】。要清除检索史,请点击Clear History键。
注意事项: PuMed最多可保留100个检索式,超过100个时自动删除最早的检索式;进行布尔逻辑运算“AND”、“OR”、“NOT”运算。History有效保存时间是8小时。

9.Clinical Queries(临床查询) (图13-14)
临床咨询(Clinical queries)是pubMed设立的一个专供临床医生查找与临床有关的数据库系统。PubMed采用过滤器(filters)技术,当输入一个检索提问词时,系统只检索与有关该提问词的治疗(Therapy)、诊断(Diagnosis)、病因(etiology)、预后(Prognosis)和clinical prediction guides(临床预测指南)等5个方面与临床密切相关的文献,用户只能在这五方面进行选择检索。
此外,还设有“Emphasis”的两个选项:“broad, sensitive search ”(灵敏度)和“narrow, specific search”(专指度)。选择“Sensitivity”项,系统会强调“查全”,检出的文献会多些;选择“Specificity”,系统会强调“查准”,检出的文献会少一些,但与检索提问词的相关性要大一些(精确些)。

 

10. 如何输出检索结果?(图15)

10.1 显示检索结果
显示检索结果(Displaying)其默认Summary格式。命中记录按该记录被输入pubMed时间排序输出,最新的排在最前面。每页显示记录数默认值为20,“Show”功能键所带的下拉菜单可以更改每页显示记录数,可选项从5条到500条不等。

10.2 保存检索结果
保存检索结果(Saving)  PuMed系统允许最多可保存5000条记录。存盘时PubMed默认文件名为“query . fcgi”。该文件名可以修改,文件格式也可在“. Fcgi”和“.txt”中选择。选择.txt格式,便于用文字处理软件和文本编辑器打开所存文件。如果想存为超文本格式,则需要使用Web浏览器的“另存为...”功能,并选择“.html”格式后再存盘。

10.3 打印检索结果(printing)
10.4 订阅文献全文(Ordering)
点击【Order】按钮,即可订阅全部检索记录的文献全文;要订阅部分记录的文献全文时,对选定的记录予以标记后,再点击【Order】按钮。如果检索过程中已进行过多次检索,可将每次检索结果添加到粘贴板后,再从粘贴板中集中订取文献全文。该项服务为收费项目。

10.5 发送到Clipboard(粘贴板)
在检索过程中将选中的检索结果暂时保存在Clipboard,以便于集中处理(存盘、打印、发送到E-Mail、订购原文)结果。粘贴板最多能存放500条记录,有效保存时间为8个小时。